Die klimatische Situation im Nationalpark Slovensky raj wird durch seine großen Höhenunterschiede beeinflusst. Seine höchsten Punkte erreichen eine Meereshöhe von 1000 - 1100 m NN. Niedriger gelegene Gebiete, in denen sich ein Grossteil der touristischen Zentren befindet, liegen nur ca. 500 - 700 m über dem Meer. Das Gebiet des Nationalparks lässt sich in den mild eiskalten, bis eiskalten Klimabereich einordnen. Der wärmeste Monat ist hier der Juli. Dagegen ist der kälteste Monat der Januar mit durchschnittlichen Temperaturen von -5 bis -6 Grad Celsius.

    Den zweiten Bereich des Nationalparks bilden schmale Canons und Schluchten, die in breitere Täler münden. Durch diese Täler fließen Flüsse.

    Die gestaltende Kraft anhaltender Wassereinwirkung lässt sich an vielen Karstbildungen ablesen. Charakteristisch sind mehrere Meter tiefe Einschnitte mit Durchmessern von mehr als 10 Metern. Die meisten dieser Einschnitte befinden sich auf den Ebenen Glac und Geravy. Untererdische Karstformationen wie Höhlen und Löcher, gibt es im Nationalpark Slovensky raj mehr als 180. Viele von ihnen sind bis zu einige Kilometer lang. Zu den bekanntesten gehört die Höhle „Stratenska jaskyna“ sowie die Dobsinska Eishöhle, die auch für Besucher geöffnet ist.

    Das ganze Gebiet wird durch die Flüsse Hornad und Hnilec entwässert: Hornad strömt durch das nördliche Teilgebiet des Nationalparkes und durch den Süden fließt der Hnilec.

    Der Großteil des Territoriums ( ca. 70% ) ist bewaldet.