Na terenie Parku Narodowego Słowacki Raj żyje około 400 gatunków owadów, 40 gatunków ssaków, ponad 100 gatunków ptaków. Liczne gatunki reprezentują typ bezkręgowców. Mniej intensywna działalność przemysłowa w rejonie parku i w jego okolicach spowodowała, że zachowało się tu sporo gatunków, które w innych miejscach są na skraju wyginięcia. Chodzi o 160 gatunków prawnie chronionych zwierząt, takich jak orzeł przedni lub wydra rzeczna. Ciekawotką jest kozica tatrzańska, sztucznie przeniesiona w 1963 r. W jaskiniach żyje wiele gatunków nietoperzy. Z ryb najczęściej spotykane są: pstrąg potokowy i lipień zwyczajny.