Na warunki klimatyczne w Słowackim Raju wpływają wyraźne różnice wysokości nad poziomem morza między poszczególnymi jego częściami. Partie szczytowe osiągają wysokość około 1000-1100 m npm. Niżej położone obszary, gdzie znajduje się większość ośrodków turystycznych, znajdują się na wysokości 500-700 m n.p.m. Teren Słowackiego Raju można zaliczyć do grupy obszarów o klimacie umiarkowanie chłodnym i chłodnym. Najcieplejszym miesiącem jest czerwiec, najchłodniejszym zaś styczeń ze średnimi temperaturami od -5 do -6 stopni Celsjusza.

    Drugą grupę tworzą wąskie kaniony i wąwozy uchodzące do szerszych dolin. Tymi dolinami płyną główne cieki wodne.

    W następstwie całorocznego działania wody powstało mnóstwo zjawisk krasowych. Najbardziej charakterystyczne są lejki krasowe, głębokie na kilka metrów, ze średnicą ponad 10 metrów. Najwięcej lejków znajduje się na płaskowyżach Glac i Geravy. Z podziemnych form krasowych występują jaskinie i groty, których w Słowackim Raju jest ponad 180. Wiele z nich ma długość kilku km. Do najznamienitszych należy Stratenska Jaskinia i Dobszyńska Jaskinia Lodowa, która jest udostępniona także dla turystów.

    Słowacki Raj odwadniany jest przez rzekę Hornad, przepływającą północą częścią obszaru, oraz rzekę Hnilec, która płynie przez część południową.

    Większość terenu (około 70%) pokrywają lasy.