Na území národného parku Slovenský raj žije približne 400 druhov chrobákov, 40 druhov cicavcov, viac ako 100 druhov vtákov. Ďalej sú v hojnom počte zastúpené bezstavovce. Menej intenzívna priemyselná činnosť ná území parku a v jeho okolí spôsobila, že sa tu zachovalo viacero druhov, ktoré sú inde na pokraji vyhynutia. Ide o viac ako 160 druhov zákonom chránených živočíchov. Napríklad orol skalný, alebo vydra riečna. Zaujímavosťou je kamzík vrchovský alpský, umelo vypustený r. 1963. V jaskyniach žije viacero druhov netopierov. Z rýb je najrozšírenejší pstruh potočný a lipeň obyčajný.