Flóra národného parku Slovenský raj je zastúpená množstvom druhov. Prevažnu časť územia zaberajú ihličnaté lesy. Prevažuje buk, smrek, jedľa a javor. V doline Prielom Hornádu sa ojedinelo vyskytuje tis obyčajný.

    Z kvetov sú vzácne najmä vysokohorské druhy, vyskytujúce sa najmä v nižších polohách chladných a vlhkých roklín a kaňonov. Vo vyšších polohách prvládajú teplomilné druhy. Vyskytuje sa tu viac ako 1000 druhov rastlin, 300 druhov húb, ďalej machorasty a lišajníky.