Klimatické pomery v Slovenskom raji ovplyvňuje výraný rozdiel nadmorských výšok jednotlivých jeho častí. Vrcholové oblasti dosahujú nadmorské výšky okolo 1000 - 1100 m n. m. Nižšie položené oblasti, v ktorých sa nachádza väčšina turistických centier sú vo výške 500 - 700 m n. m. Územie Slovenského raja možno zaradiť do mierne chladnej, až chladnej klimatickej skupiny oblasti. Najteplejším mesiacom býva Júl. Naopak najchladnejším ja Január s priemernými teplotami -5 az -6 stupňov Celzia.

    Druhú skupinu tvoria úzke kaňony a rokliny ústiace do širších dolín. Týmito dolinami pretekajú hlavné vodné toky.

    Výsledkom dlhodobej činnosti vody bolo vytvorenie mnohých krasových javov. Najcharakteristickejšie sú závrty hĺboké niekoľko metrov s priemerom viac ako 10 metrov. Najviac závrtov je na plošinách Glac a Geravy. Z podzemných krasových foriem sú to jaskyne a diery, ktorých je v Slovenskom raji viac ako 180. Mnohé znich sú dlhé aj niekoľko kilometrov. Medzi najznámejšie patrí Stratenská jaskyňa a Dobšinská Ľadová Jaskyňa, ktorá je sprístupnená aj pre turistov.

    Odvodňovanie celej oblasti zabezpečujú rieky Hornád, pretekajúca severnou časťou územia národného parku a rieka Hnilec, ktorá preteká jeho južnou časťou.

    Väčšinu územia ( približne 70% ) pokrývajú lesy.